Die Pflege des byzantinischen Ritus (der Tradition der Ostkirche) erwuchs aus der ökumenischen Zielsetzung unseres Klosters. Das jahrzehntelange intensive Bemühen um byzantinische Liturgie, Spiritualität und Theologie ist selbst zu einer spezifischen Tradition in Niederaltaich geworden. Im Sinne einer ‚gelebten Vermittlung’ feiern die Mönche des byzantinischen Ritus die Göttliche Liturgie (Eucharistie) und das Stundengebet in deutscher Sprache, um so den Christen westlicher Kirchen den Reichtum der östlichen liturgischen, spirituellen und theologischen Überlieferung besser zugänglich zu machen.
Dazu wurde der Großteil der verwendeten gottesdienstlichen Texte in langjähriger Arbeit aus dem Griechischen bzw. Kirchenslawischen neu übersetzt und zum Singen eingerichtet. Grundlage für die musikalische Gestaltung bildete von Anfang an der russische einstimmige wie mehrstimmige Choral.
Da die alte byzantinische Kapelle für die wachsende Zahl der Gottesdienstbesucher zu klein wurde, hat man 1986 in einem alten Trakt des Klosters eine größere Kirche und eine Kapelle eingerichtet, die beide dem in Ost und West verehrten heiligen Bischof Nikolaus von Myra geweiht sind.