Монастырь был основан в 741ом или 731ом году баварским герцогом Одило. В ответ на просьбу герцога Святитель Пирмин направил 10 монахов им же основанного монастыря Райхенау на Боденском озере в Альтах на берегу Дуная. Весьма вероятно, что первый настоятель монастыря Еберсвинд является редактором первого в истории свода законов Баварии, так называемого Lex Bajuvariorum (741/743).

Монахи монастыря очень плодотворно трудились в области культивации и обживания незаселенных еще в то время баварского и бемского лесов. Так монастырь Альтах стал значительным центром немецкой культуры а ткже хрисианской веры в восточном округе. При Карле Великом и Людвиге Немце владения монастыря расширились до самого Вахау. Аббат Готцбальд являлся главным канцлером короля Людвига Немца, благодаря чему монастырь получил в 848 году право на свободный выбор Аббата, а в 857 году полную независимость от мирских владык. Независимость эта закончилась к сожалению довольно быстро: в 1152 году Кайзер Фридрих Барбаросса передал монастырь в вассальную зависимость архиепископу Бамберга.

Более 50 монахов за всю историю существования обители были призваны на епископские кафедры или назначены настоятелями других монастырей.

Во время правления святого Годхарда монастырь пережил расцвет бенедиктинской духовности. Святитель Годхард и Герцог Хайнрих (который позже стал Кайзером Хайнрихом Вторым) провели реформы во многих монастырях. Сам святитель Годхард был призван позднее на епископскую кафедру Города Хильдесхайм.  К 13 святым нашего монастыря относятся также 3 женщины,  которые жили в затворе неподалеку от монастыря.

История следующих восьми столетий жизни монастыря богата разнообразными событиями. Такие настоятели, как например Германн (1242-1273), Килиан Вайбек (1503-1534), Паулус Гмайнер (1550-1585) внесли свой огромный вклад в хозяйственное и духовное развитие обители. Не обошли монастырь стороной войны, пожары и наводнения, вызванные разливом Дуная. Аббат Йосцио Хамбергер отстроил монастырь в популярном тогда стиле Барокко.

В 1803 году наш монастырь, как и многие другие, подвергся секуляризации и был закрыт. От пожара в 1813 году пострадал храм и большая часть монастырских построек. Это было причиной сноса барочного комплекса аббатства.

В 1918 году монастырь был вновь заселен монахами близлежащего монастыря Меттен. Начало монашеской жизни в Нидеральтайхе было бы невозможно без финансовой поддержки  Профессора Франца Кнабенбауэра. Численность братии возросла благодаря переселению «бенедиктинцев-друзей детей» (особая ветвь нашего ордена, основанная отцом Эдмундом Хагером) из Тироля в Нидеральтайх до восмидесяти человек.

В тридцатые годы приор нашего монастыря Эммануэль Хойфельдер начал работу по межконфессиональному диалогу. Несмотря на сложность финансовой и хозяйственной ситуации, эта работа стала новой идеальной целью жизни обители. По окончании Второй мировой войны вопрос о возможности продолжения «восточной работы» оставался открытым. Но со вступлением в монастырь новых братий, в числе которых находились двое русских, стало возможно осуществить желание Папы Пия ХI, который еще в 1924 году призвал бенедиктинцев жить и молиться в византийском обряде, чтобы таким образом строить «духовный мост» между Западом и Востоком. Некоторые братия нашего монастыря стали совершать ежедневные богослужения и Божественную Литургию в восточном обряде, для чего в 1955 году пустующее помещение было переоборудовано под Храм святителя Николая. После перестройки помещений бывшей пивоварни в 1986 году в монастыре появились сразу два храма: большой и малый, оба освящены в честь святителя Николая. В1962 году начал свою работу Институт межрелигиозного диалога, основанный при монастыре.

В 1953/54 году между сохранившимися частями барочного комплекса был построен соединяющий их корпус, в котором до 1994 года помещался интернат. В1999/2000 годах этот корпус подвергся значительной перестройке и был переоборудован в монастырскую гостиницу с образовательным центром.