Man kann wohl davon ausgehen, dass bereits kurz nach der Gründung des Klosters Jungen Unterricht erteilt wurde, die diesen beim Gesang während der Liturgie „abbezahlt“ haben. 1723 wurde unter Abt Joscio Hamberger die Schule neu geordnet. Aus dieser Zeit ist uns ein Tagesablauf mit der Singtätigkeit der Klosterschüler in der Basilika überliefert.
Nach der Wiederbegründung des Klosters war es selbstverständlich, dass auch die Lateinschule wieder errichtet wurde, in der ebenfalls gemäß der alten Tradition die Schüler im Singen (geistlicher Gesänge) unterwiesen wurden. Nach den Wirren der 2. Weltkriegs und der Neuordnung konnte im Jahre 2001 der Knabenchor Pueri Cantores Altahensis als Chor der Abtei Niederaltaich wiedererrichtet werden.
Wie von Anfang an besteht der Chor zum größten Teil aus Schülern des St. Gotthard Gymnasiums, die in den Männerstimmen von Freunden des Klosters unterstützt werden. Die klassische Aufteilung, dass nämlich lediglich der Sopran von Knaben getragen wird, während Alt, Tenor und Bass von Männern übernommen werden, dürfte dabei in Bayern wohl einzigartig sein.
Der Chor der Abtei Niederaltaich ist nicht in erster Linie als Konzertchor gedacht, sondern als Chor der Klosters, der die Mönche in ihrem Lobe Gottes, das in der Basilika erklingt, unterstützen will und somit zum Opus Dei nach der Regel des Hl. Benedikt beiträgt. Aus diesen Gründen besteht das Repertoire des Chores vor allem aus klassischen Werken der lateinischen Liturgie. Selbstverständlich ist es auch, dass Chorknaben und Chorherren im Singen der Gregorianik unterrichtet werden, um diese während der Feier der Liturgie der Tagzeiten und der Eucharistie zum Klingen zu bringen.